I Atlas Flora Danica* er salep-gøgeurt registreret i 26 atlasruder på omkring 35 lokaliteter. Mens artens nationale udbredelse i Danmark i store træk fortsat strækker sig fra Djursland over Samsø og det østlige Sønderjylland til Sjælland, Falster og Møn samt Bornholm, er antallet af lokaliteter nu betydelig færre end tidligere.
Salep-gøgeurt er konkurrencesvag og vokser derfor på steder med et vegetationsdække, der holdes lavt ved en passende, kontinuer afgræsning eller høslæt med fjernelse af den afslåede biomasse og uden tilførsel af kunstgødning. Jordbunden er forårstør, næringsfattig og svagt sur til basisk. Den er derfor sårbar overfor selv mindre driftsændringer, så som ophør af afgræsning eller høslæt i et par år, ligesom den ikke tåler næringstilførsel eller oversvømmelse af saltvand.
25 bestande af salep-gøgeurt er blevet overvåget i løbet af programperioden 1987-2016. Ingen af bestandene har været overvåget kontinuert i hele perioden, hvilket primært skyldes skift af overvåger mere end, at arten er forsvundet fra en lokalitet. I perioden 1993 til 2001 er det største antal mellem 12 og 17 bestande blevet optalt – de 17 bestande i år 2000.
Individantallet af salep-gøgeurt på de enkelte lokaliteter er meget forskelligt, idet nogle rummer 1000-tallige bestande, som ved Saltbæk Vig og på Jægerspris Skydeterræn, mens antallet på hovedparten af voksestederne er mere beskedent med under 50 planter.
Den samlede bestandsudvikling viser store udsving imellem de enkelte år med et maksimum i 1998 på 4.429 og et minimum i 2014 på 665 blomstrende planter optalt i 6 bestande (Fig.1). I 1998 udgjorde bestanden på Rævebakkerne på Samsø således 43 % (1.898 blomstrende planter) af det samlede antal på 4.429 blomstrende planter, hvor optællinger af 12 andre bestande indgik. De 1.898 blomstrende planter var samtidig det største antal planter, der er blevet optalt i Rævebakke bestanden ved totaloptælling.
Det gennemsnitlige antal topper i 2007 med 684 blomstrende planter fordelt på 5 bestande efter en periode siden 1993 med en ujævn stigning i det gennemsnitlige antal. I det efterfølgende år er det gennemsnitlige antal reduceret til næsten en tredjedel for at falde yderligere i de næste tre år. I 2012 stiger det gennemsnitlige antal igen til over 500 blomstrende planter for så at falde frem til 2016, hvor det gennemsnitlige antal er små 180 blomstrende planter optalt i 8 bestande (Fig. 2).
De 30 års overvågning af salep-gøgeurt viser en samlet nedadgående trend fra 2007 frem til 2016 med betydelige udsving både i det gennemsnitlige antal og det faktiske antal blomstrende skud. Arten er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i næsten truet (NT).
