Rød skovlilje forekommer ifølge Atlas Flora Danica* i tre ruder i Jylland, på Møn og Sjælland. I Klinteskoven på Høje Møn har arten mindst tre voksesteder. Den er i 1992-1995 registreret med et fåtal af individer på otte andre voksesteder spredt i Klinteskoven.
Arten optræder gerne på kalkrig jordbund i gamle, skyggefulde bøgeskove og på Møns Klints næsten vegetationsfrie kystskrænter under klorotiske bøge. Den blomstrer gerne, når den vokser på mere lysstillede steder som i lysbrønde, mens den forbliver vegetativ i mere tætte, skyggefulde bevoksninger.
Tre bestande af rød skovlilje er blevet overvåget i løbet af programperioden 1987-2016 i Jylland og på Møn. Ingen af bestandene har været overvåget kontinuert i hele perioden. Bestanden i Buderupholm Bjergeskov har været overvåget mellem 1997 og 2016, mens de to mønske bestande har været overvåget i perioden 1988 til 2011. På alle overvågede lokaliteter er både blomstrende og vegetative planter blevet optalt, da mange af bestandene er relativt fåtallige, og fordi planterne ofte vokser på steder uden den store konkurrence fra anden vegetation. Samtidig er de enkelte individer lette at identificere fra andre plantearter.
De største samlede antal af rød skovlilje blev optalt i 1995 og i 2004, hvor henholdsvis 51 og 28 blomstrende samt 164 og 163 vegetative planter blev registreret i alle tre bestande. Det laveste antal blev optalt i 2014 med ét blomstrende og fem vegetative individer i Buderupholm Bjergeskov (Fig. 1). Det højeste gennemsnitlige antal på 33 blomstrende planter blev opgjort i 2010 fordelt på to bestande (Fig. 2).
Kendetegnende for de overvågede bestande er, at antallet af blomstrende planter af rød skovlilje oftest er lavere end antallet af vegetative, og at det samlede antal optalt kun i ét år overstiger 200 planter. Overvågningen af de to mønske bestande er foretaget i permanente prøvefelter. Her har det vist sig, at antallet af såvel blomstrende som vegetative planter er højere udenfor end inden for felterne.
De 30 års overvågning af rød skovlilje viser en samlet nedadgående trend, hvilket kan hænge sammen med, at det siden 2011 alene er Buderupholm bestanden, der er blevet optalt, mens overvågningen af de mere individrige mønske bestande er indstillet. Baseret på resultatet af overvågningen anslås det, at den samlede danske bestand af rød skovlilje næppe har oversteget 500 planter i programperioden 1987-2016, hvoraf langt hovedparten vokser på Høje Møn. Arten er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i kritisk truet (CR).
